九猫穿越多个时光隧道后终于回到了1943年，在码头上他找到了想念甚久的风女，他决定陪着风女和异能者们远离喧闹的都市。
这个女人叫佩小姐，未婚却有很多孩子，每个孩子都有特效的超能力，比如用后脑勺吃饭的小女孩，口吐焚香的蜜蜂男，脱掉铁鞋就能起飞的风女，能催生植物生长的自然女，他们生活在时间隧道的城堡里，城堡被设置了时间循环，每天只能生活在1943年9月3号，他们永远看不到外面的世界，也不会生老病死。
《佩小姐的奇幻城堡》改编自萨姆·里格斯的奇幻小说《怪物女孩》西方人对于时空的迷恋 体现在各个方面，，在这部电影里 就有一群躲藏在时空回廊中的特殊能力的孩子，与食人变异怪兽所展开的殊死搏斗，佩小姐是这座城堡的主人，她有控制时间的能力，还能在人和鸟之间自由变换，在全球还有很多类似佩小姐这样的生物，他们这些能控制时间的守护者，天生就有一份责任，就是保护这些有超能力的小孩，避免被怪物所杀。
很久以前 有个叫老黑的守护者，厌倦了每天无限循环的日子，他偷偷离开了时光隧道，他拥有控制时间的超能力 获得了一批铁杆粉丝，他还抓了一只同类生物 关在鸟笼里，他认为可以通过时光之力 ，能让人获得永生，就在老黑按下开关后，机器突然漏电头盔里瞬间冒出了浓烟，他们不仅没有获得永生 还变成了透明的妖怪，不甘心变成妖怪的老黑，得知吃超能力孩子的眼睛可以暂时获得人形，老黑带着妖怪们四处捕杀超能者，超能者看不到这些透明的妖怪 只能躲在时间隧道里，避免被捕杀。
平静的生活安逸了多少年，后来有个男孩叫小陶，他是唯一一个可以看到妖怪的超能者，得知有这种异能后 他选择离开城堡，参加了除魔培训班，从此加入了捕杀怪物的道路，一转眼 小陶也成了成了一位白发苍苍的老人，有了美满的家庭和可爱的孙子，每晚老陶都会把关于城堡的记忆慢慢讲给孙子九猫听，年幼的九猫也一直相信爷爷所讲的传奇事迹都是真实的。
这天九猫陪同妈妈看望独居的爷爷，可是爷爷却莫名其妙地不让他靠近，当九猫赶到后 爷爷让人挖去了双眼，临死前让九猫去城堡里找答案，九猫说服了父亲 来到了爷爷述说的小岛，可是这里荒无人烟早就变成了一片废墟，在当地询问情况后才得知，城堡在1943年就已经被炸毁了，不死心的九猫 走见废墟里，这时突然出现几个模样奇怪的小孩，受到惊吓的九猫 赶紧往外面跑，可是被废墟绑摔晕了，醒来的九猫 发现眼前站着六个模样奇怪的人，九猫一眼就认出了他们，原来他们就是爷爷说的童话故事，九猫跟着他们来到了时光走廊，走过这里 他们就能穿越到1943。
九猫来到了城堡，终于见到了爷爷口中的佩小姐，和有着特殊天赋的小伙伴们，在这里他度过了开心的一天，他还找到爷爷写给佩小姐的信，但他不属于这里 终究还是要回到现实生活里，在回家前佩小姐让他感受了时间重置的魔力所有人 带上防毒面具 天空中出现无数轰炸机，佩小姐看了看手表 按下了重置键，这时正在快速降落的导弹和雨水瞬间停止，佩小姐扭转时间表 周围的一切随即发生了逆转，天空的余光，瞬间回到了白天，九猫整个人惊呆了，原来这就是爷爷所说的时光重置，为了保证九猫的安全 风女护送九猫回到时间走廊，他们在时光走廊发现了一只受伤的时光鸟，风女将时光鸟带回了城堡，回到酒店的九猫 打开了爷爷写的信。
原来爷爷当年就发现老黑的手下 潜入到了城堡，第二天九猫再次来到城堡 找佩小姐询问了老黑的真实身份，但是佩小姐拒绝了他 不回头的九猫找到风女询问，风女带着九猫玩起了潜水 他们来到一艘沉船里，风女使用超能力，吸干了里面使用水，然后将爷爷的盒子交给九猫，这时爷爷当年交给风女保管的，等到时机成熟时 由她交到九猫手上，盒子里全部是怪物的照片以及时光走廊的坐标，九猫不知道爷爷为什么将这些东西交给他，风女为了帮他解开疑惑带他来到海边，九猫看到佩小姐拿着弓箭望向远方，这时从悬崖下爬上来一只足有三米的怪物，九猫吓了一跳 赶紧让佩小姐离开，只见佩小姐 拉开弓弩 一箭就射死了怪物，风女还告诉九猫 其实他们都看不到怪物，现在只有你一人能看到怪物，佩小姐之所以能射死怪物，是当年你爷爷在地上做了标记，加上时间拿捏得很准，所以她可以盲射怪物。
回到城堡的九猫，将爷爷的死讯告诉了佩小姐，佩小姐也告诉了九猫所有事情的经过，这时 风女救回来的时光鸟醒了过来，还跟佩小姐说出了老黑的计划，佩小姐觉得城堡再也不安全了，于是让众人带上行李准备撤离，本想让九猫一起走，可是九猫舍不得父母，他通过时光走廊回到了现实时间，刚走出走廊 就发现了一具老人的尸体，他也失去了双眼 怪物很有可能已经侵略了这座小岛，九猫立马回头准备告诉佩小姐，可是刚走进走廊 突然发现有人跟着他，原来是老黑 他幻化出无数面孔跟着九猫来到了时光走廊，老黑挟持九猫 逼迫佩小姐去当试验品，只见佩小姐幻化成时光鸟 飞进了鸟笼里，佩小姐被抓 之前一直被杀的怪物也即将杀到城堡里，九猫拿起武器指挥大家对抗怪物，可是他们根本看不到隐形的怪物，就在怪物正要挖木偶大师眼睛时，九猫用弓弩击中怪物救下了木偶大师，然后带领众人撤退，这时天空中出现了无数轰炸机，再过三分钟轰炸机就会轰炸地面，他们正要逃离时 怪物赶了上来，风女见状 脱掉铁鞋带着九猫飞了出去，九猫牵着漂浮的风女和大家会合，他们现在最重要的是要救出佩小姐，否则时间不能重置 他们很快就会死去，九猫带领众人打捞起海底的沉船，众人乘坐轮船直奔老黑总巢。
他们来到了游乐场 ，九猫和风女找打了老黑，可是对方人多势众 只能智取，九猫让风女引诱其他怪物 来到场外，被早已躲藏的异能者们用雪球让怪物们现行，然后木偶大师招呼骷髅宝宝和怪物决斗，剧场里 蜂王释放大量的蜜蜂 阻止怪物，这时双胞胎露出恶魔眼瞳 秒杀掉怪物，风女召唤台风 直接把老黑钉在了墙上，九猫打开鸟笼 放出了所有时光鸟，风女超负荷运功 很快技能被耗尽，脱了缰的老黑直接幻化出斧子，劈开了木门，等风女赶来时 突然出现了两个九猫，其中有一个是老黑幻化的 ，这时走来一只怪物 九猫可以看到 ，老黑却看不到，九猫正好借助这个机会让怪物夺走了老黑的眼睛，老黑就这样被自己人消灭了，九猫救出了所有时光鸟，佩小姐带着异能者能返回城堡，九猫借助时光穿越 他回来了爷爷去世之前，爷孙俩再度重复，在交谈中，爷爷看出了九猫的心事，经过这次的死里逃生，九猫和城堡里的孩子们有了很深的感情，对风女更是夜夜想念。
九猫穿越多个时光隧道后终于回到了1943年，在码头上他找到了想念甚久的风女，他决定陪着风女和异能者们远离喧闹的都市。
电影是一个黑色的洞，一次拯救 一种冒险 一个新的天地，佩小姐创造了时间循环，建立了一个象牙塔般的世界，虽然是每天的重复，但对不熟知的人来说，这样的世界是令人向往的，虽然没有儿童时期童话的那种纯粹，但单纯与天真却也实实在在地表现在反派身上了，坏人不一定坏得那么彻骨，有时候也只是一个单纯的人，单纯地想去得到一些不该得到的，从而迷失在道路上的人。
