1861年，英国海军提督何伯、参赞巴夏礼提出和太平天国平分中国，共同对付清朝，遭到了洪秀全的拒绝，于是双方正式开战。太平军攻破江北、江南大营后，曾国藩派遣李鸿章到江淮一带组织团练。洪仁从皖南调集军队夜袭湘军，但依然遭到了失败。然而湘军拼死抵抗，太平军始终无法攻陷湘军的雨花台军营。至此，江南战事基本平定，洋枪队也宣告解散。
第二次鸦片战争结束后，清朝和列强签订了《北京条约》，从此，清朝得以腾出手来全力对付太平天国。而西方列强也撕下了“中立”的伪善面具，开始组建洋枪队，阻止太平军进攻上海。太平天国进入了最后的岁月。从1862年到1864年，太平军苦守天京三年，最终被攻破，轰轰烈烈的太平天国运动失败了。需要注意的是，太平军并未完全结束战斗，他们转化为其他力量，在中国大江南北继续奋斗……
一，太平军西征的最终失败天京城的全面危机是从安庆陷落开始的。1860年，太平天国发动东征，第二次攻破了江北、江南大营，占据了苏南地区。正在这时，两江总督曾国藩、湖北巡抚胡林翼带领5万湘军从湖北攻入安徽，其中道员曾国荃和提督杨岳斌带领近万人包围了安庆，而副都统多隆阿、按察使李续宜带领2万人驻扎于桐城，负责对付太平军的外援。
曾国荃
太平军方面，有万人在此固守待援。为了解安庆之围，太平军兵分两路，分别由陈玉成和李秀成带领部队进攻湖北，试图“围魏救赵”。然而，陈玉成的部队遭到英国方面阻拦，未能渡过长江和李秀成汇合。李秀成在攻陷武昌后，误会了陈玉成，于是撤出西征战场，将部队转移到了江南，以开辟江南战场。因此，这次西征宣告失败了。
1861年，陈玉成、洪仁玕、林绍璋、吴如孝等带领共3万人对安庆的湘军发动了总攻，然而遭到失败，数千精锐牺牲。1861年7月，洪秀全又调动杨辅清和陈玉成对安庆的湘军发动了猛攻，太平军前仆后继，奋勇冲击，轮番进攻10余次，几乎冲破了湘军的包围圈，但是最终功亏一篑。9月初，安庆弹尽粮绝，湘军涌入城内，城内的万余守军壮烈殉难，安庆最终陷落。
安庆是天京西边的重镇，安庆陷落，使得天京直接暴露于湘军的火力之下，太平天国的全面危机到来了。安庆陷落后，陈玉成被革职处分，坐守庐州，继续在安徽一带坚守。为了获得开辟后方基地，他派遣马融和、邱远才、陈得才、赖文光等远征西北，这支远征军北上中原，转战关中，攻陷了西安。
赖文光——太平军最后的名将
1862年，曾经和太平军配合作战的苗沛霖送来密报，邀请陈玉成北上寿州，共攻开封。实际上，这是苗沛霖的阴谋。陈玉成不听部下的劝阻，毅然从庐州突围，带领部队到达寿州。然而，苗沛霖在此布置了伏兵，当陈玉成进城后就被俘虏。之后，陈玉成被解送颖州审判，他在公堂上慨叹“太平天国去我一人，江山也算去了一半” 。最终，陈玉成被处死。
陈玉成遭遇不测后，赖文光等带领西北远征军杀回了湖北，试图回援庐州。然而，受阻于湘军，他们无法东进。于是，西北军又掉头攻入安康等地。到1863年10月初，赖文光与陈德才等合作，大破清兵，攻陷了汉中，建立了新的基地。然而，这支军队无法对清朝形成实质上的威胁，也就难以牵制清军的力量，无法给天京带来支援。
在西北军远征汉中、关中的时候，石达开转战南方的部队于1861年9月从桂南北上，攻入了四川边缘。1862年，石达开转战到了云南，试图攻入四川，建立后方基地。如果西北军能够和石达开早点取得联系，共同作战，攻入四川盆地，那么势必会改变战局。然而，太平军并未抓住最后的机会。1863年2月，石达开强渡大渡河失败，最终全军覆没。
二，江南战场的逆转太平军在西线战场虽然失败了，但是在东线却取得了成功。1860年，李秀成攻陷了苏南各地，建立了苏福省，成为了天国后期最重要的后方基地。1861年，李秀成攻陷武昌，未能和陈玉成会师，于是调动自己的军队再次攻入了江南，攻克了杭州。
苏南和杭州都落入了太平军手中，清朝官员和英法列强都坐不住了。很快，清朝方面雇佣华尔为将领，组建了洋枪队，后来改名常胜军、定胜军等。1860年，李秀成首次和洋枪队交手，取得了青浦大捷，华尔身中五枪，逃回上海。1861年，英国海军提督何伯、参赞巴夏礼提出和太平天国平分中国，共同对付清朝，遭到了洪秀全的拒绝，于是双方正式开战。1862年，李秀成再次进攻上海，攻破敌营一百三十多座，洋枪队被打得落花流水。
此时，湘军之外的两大军事集团也悄然兴起了。一支为淮军，组建者为李鸿章；另外一支为湘军，组建者为左宗棠。李鸿章原本是湘军的幕僚，很受曾国藩的欣赏。太平军攻破江北、江南大营后，曾国藩派遣李鸿章到江淮一带组织团练。很快李鸿章就组建完成一支新的部队——淮军。1862年，李鸿章带领9000淮军进入了上海，遏制住了李秀成的进攻势头。不久，李鸿章又在上海将淮军规模扩张到了7万人，并采用了较为先进的武器，作战能力非常强。
淮军
左宗棠，是湖南长沙人，原本属于湘军。早在1852年，左宗棠就已经加入了镇压太平天国的战争中，并且取得了良好的战绩，声名鹊起。1860年，太平军攻破江南大营，在浙江发展基地。于是曾国藩派遣左宗棠在湖南招募5000人组建了“楚军”，开始进入江西、安徽和太平军作战。1861年，左宗棠成为了浙江巡抚，1862年成为了闽浙总督。他的楚军在洋枪队的配合下，收复了金华、绍兴等地，逐渐控制了浙江全省。
按照李秀成的原计划，那就是先攻下上海，使得苏南、浙江连成一片，扼守长江出海口。并且在上海补充兵员，粮食，购买大量的武器。然而，随着淮军和楚军的形成，浙江逐渐沦陷，上海也更加难以攻破，江南一带已经无路可走。
1862年，曾国藩统辖苏、赣、皖、浙四省军事，并将安庆作为东征总部。曾国藩为了一举攻破天京，在军事上进行了全面的安排：其中曾国荃从安庆出发，直接从长江一线向天京挺进；曾贞干从池州进攻芜湖；彭玉麟等沿着长江而下，负责后勤；鲍超从江西向安徽挺进，负责进攻宁国府；左宗棠负责进攻杭州；李鸿章负责进攻苏南。
三，天京保卫战1862年3月，曾国荃的军队正式从安庆出发，标志着天京之战最终爆发。到5月底，曾国荃已经攻破了天京之前的所有据点，抵达了天京城外。7月，宁国府被攻破。洪仁玕从皖南调集军队夜袭湘军，但依然遭到了失败。到9月，李秀成也坐不住了，他带领20万大军浩浩荡荡地向天京开进。黑云压城城欲摧，这场恶战最终到来。
10月13日，李秀成和天京的守军里应外合，对天京城外的湘军发动了猛攻。然而湘军拼死抵抗，太平军始终无法攻陷湘军的雨花台军营。随后，太平军又向湘军挖地道，而湘军也挖地道，并在地道中灌水，放毒烟，使得太平军的地道连续失效。11月26日，李秀成和李世贤见湘军军营无法攻破，于是撤围，进入了天京城。
1862年12月到次年2月，李秀成又带领数万太平军北渡长江，攻占了浦口、江浦，试图再次创造西征的奇迹。然而，安徽的防御今非昔比，太平军在此屡攻不破。1863年6月，李秀成最终放弃了开辟安徽战场的计划，带领军队南渡长江。然而，在南渡长江时，太平军又遭到了湘军的猛攻，损失惨重。最终，长江北岸完全被清军占据。
李秀成退出苏南后，淮军、楚军在江南迅速发展。1863年7月，苏州太平军守将郜永宽投降，但是城内的太平军不愿意剃发和解除武装。于是，李鸿章在苏州进行了杀降，此事还引起了洋枪队的不满，而曾国藩赞赏李鸿章这个刽子手“殊为眼明手辣”。到1864年，淮军攻克了常州，而左宗棠也攻克了杭州。至此，江南战事基本平定，洋枪队也宣告解散。
从1863年，各路清军对天京发动了总攻。12月21日，李秀成建议洪秀全“让城别走”，流动作战，遭到了洪秀全的拒绝，这太平天国最后的希望破灭。随后的几个月，太平军和湘军进行了艰苦卓绝的斗争，湘军虽然不断缩小包围圈，甚至攻入城内，但是还是无法一次性拿下天京。到年6月1日，洪秀全去世，李秀成掌权一切军政。1864年7月3日，湘军攻占天京城外最后一个据点地保城，开始再次架设大炮被天京猛攻。
李秀成见天京不保，选派千余精锐伪装为湘军，企图冲破湘军包围，最终只能退守城内。7月19日，太平军和湘军在天京城进行了巷战，状况十分激烈，双方死伤惨重。李秀成企图带领军队继续从西突围，取得了成功，但是和幼天王失散。三天后，李秀成在方山附近被俘，于8月7日被曾国藩所杀。城内的太平军大部分战死，其余部分大多自焚而死。自此，太平天国运动宣告失败。
太平天国运动虽然失败，但是其余部依然活动在全国各地。1864年2月，赖文光的西北军“图解京师重困”，分三路回援，他们和捻军汇合，形成了规模庞大的队伍，一直转战到了湖北，接近安徽，多次击败清军。三路大军到11月仅剩下了赖文光一路。随后，赖文光带领大军挺进了河南，和捻军配合，一直坚持作战到了1868年，著名的僧格林沁就是被赖文光部击杀的。而石达开的余部军队战斗到了1872年才被平定。1874年，隐匿多年的杨辅清在福建谋划复兴太平天国，最终事情败露，被捕杀。还有大量的太平军和家属为了逃避追杀，流亡到了国外，继续支持国内的反清事业。
